技術(shù)服務(wù)
DIA定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析
?基于二級(jí)質(zhì)譜信號(hào)的定量蛋白質(zhì)組技術(shù)
?數(shù)據(jù)覆蓋度高，定量重現(xiàn)性好
?不需混樣、開啟個(gè)體化蛋白質(zhì)組學(xué)分析新篇章
?避免實(shí)驗(yàn)操作體系影響，回歸大樣本統(tǒng)計(jì)分析，數(shù)據(jù)更可靠
| 差異定量方法比較 | TMT/iTRAQ | DIA |
| 數(shù)據(jù)采集方式 | DDA 選擇豐度高的離子碎裂，數(shù)據(jù)采集具有一定隨機(jī)性； 只能根據(jù)母離子/報(bào)告離子定量，無法提取離子對(duì)定量，隨機(jī)性較大，準(zhǔn)確性、重現(xiàn)性較差。 | DIA 所有離子完全采集，無數(shù)據(jù)丟失；重現(xiàn)性好；高通量定量分析。 |
| 優(yōu)勢 | 混合上機(jī)，質(zhì)譜分析平行性好。 樣本數(shù)量較少，相對(duì)定量簡易。 方法成熟，參考文獻(xiàn)豐富，成本較低。 | 質(zhì)譜操作簡便不需分組分，樣本處理很少，軟件及數(shù)據(jù)庫快速發(fā)展提高效率。 DIA全掃描，蛋白鑒定重現(xiàn)性好，可高通量定量分析更多蛋白。 個(gè)體化分析，樣本數(shù)增加，統(tǒng)計(jì)學(xué)分析更具意義。 樣本基因表達(dá)差異影響小（不同部位、不同個(gè)體的樣本，均能分析）。 |
| 局限 | 基因表達(dá)情況接近的樣本（不能跨部位），為消除個(gè)體差異帶來的影響，科研上很多時(shí)候還需要混樣。 樣品數(shù)受限（≤8標(biāo)、≤10標(biāo)）；樣本數(shù)量較多時(shí)需設(shè)對(duì)照分多組，定量分析困難。 DDA掃描，蛋白鑒定重現(xiàn)性較差，獲得的差異定量數(shù)據(jù)，必須進(jìn)一步驗(yàn)證。 | 采用DIA數(shù)據(jù)采集方式，對(duì)質(zhì)譜儀器平臺(tái)要求高。 數(shù)據(jù)量大，對(duì)方法及軟件效率要求高。 若大樣本檢測，檢測成本相對(duì)提高。 |
相關(guān)文獻(xiàn)：
Liu Y, Chen J, Sethi A, et al. Glycoproteomic analysis of prostate cancer tissues by SWATH mass spectrometry discovers N-acylethanolamine acid amidase and protein tyrosine kinase 7 as signatures for tumor aggressiveness[J]. Molecular & Cellular Proteomics, 2014, 13(7): 1753-1768.
Liu Y, Buil A, Collins B C, et al. Quantitative variability of 342 plasma proteins in a human twin population[J]. Molecular systems biology, 2015, 11(2): 786.
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